Osrednji sestavni deli drobilnika medicinskih odpadkov sta komora za drobljenje in sistem rezil. Komora za drobljenje je običajno izdelana iz nerjavečega jekla, odpornega proti koroziji, da se zagotovi, da ostane nerjaveča tudi po daljšem stiku z medicinskimi odpadki, medtem ko njena gladka površina olajša čiščenje. Sistem rezil je sestavljen iz rezil iz visoko trdnega legiranega jekla, odpornega proti obrabi. Ta rezila drobijo medicinske odpadke z visoko hitrostjo vrtenja. Število in postavitev rezil sta zasnovana glede na zmogljivost obdelave in učinek drobljenja, da se zagotovi enakomerno drobljenje in nadzorovana velikost izhodnih delcev.
Prenosni in pogonski sistem je ključen za nemoteno delovanje drobilnika. Prenosni sistem običajno vključuje motor, reduktor in pogonsko gred. Motor zagotavlja moč, reduktor pa uravnava hitrost, kar omogoča, da rezila delujejo z optimalno hitrostjo za učinkovito drobljenje. Ključne komponente, kot so ležaji in spojke, morajo biti odporne proti obrabi in visokim temperaturam, da zagotovijo stabilnost in dolgo življenjsko dobo med neprekinjenim delovanjem, hkrati pa zmanjšajo vibracije in hrup.
Drobilniki medicinskih odpadkov so opremljeni tudi z varnostnimi in pomožnimi sistemi. Dovodna odprtina je običajno opremljena z zaščitnim pokrovom ali napravo proti zamašitvi, ki preprečuje, da bi se upravljavci dotaknili rezil; izpustna odprtina je zasnovana z nadzorovano odprtino za enostavno odvajanje odpadkov in kasnejšo obdelavo. Nadzorni sistem spremlja obremenitev motorja, stanje delovanja in zaščito pred preobremenitvijo; nekatere enote so opremljene tudi z gumbom za zaustavitev v sili, da se zagotovi varnost delovanja. Celotna zasnova ohišja stroja uravnoteži stabilnost z enostavnostjo čiščenja in vzdrževanja, zaradi česar je oprema učinkovita in varna.