Učinkovitost drobilnika medicinskih odpadkov se odraža predvsem v njegovi učinkovitosti drobljenja in izhodni velikosti delcev. Preizkušanje delovanja običajno oceni predelovalno zmogljivost opreme s tehtanjem količine predelanih odpadkov na časovno enoto ter hkratnim vzorčenjem in merjenjem zdrobljenih delcev odpadkov, da se zagotovi enotnost in velikost v skladu z zahtevami načrtovanja. S tem testiranjem ugotavljamo tudi obrabo rezalnih orodij in racionalnost zasnove drobilne komore ter tako zagotavljamo učinkovito delovanje pri dejanski uporabi.
Med preskušanjem je treba spremljati tudi stabilnost delovanja opreme, vključno z obremenitvijo motorja, nihanji hitrosti in ravnmi hrupa. Visokozmogljiv drobilnik mora med dolgotrajnim delovanjem ostati stabilen, brez prekomernih vibracij ali alarmov za preobremenitev. Hkrati je treba preskusiti delovanje varnostnih naprav, kot so gumbi za zaustavitev v sili, zaščitne ključavnice vrat in funkcije zaščite pred preobremenitvijo, da se zagotovi hiter izklop v neobičajnih situacijah in zaščiti varnost operaterja.
Preizkusiti je treba tudi čistočo in okoljsko učinkovitost drobilnika medicinskih odpadkov. Enostavnost čiščenja komore za drobljenje in izpustne odprtine, učinkovitost nadzora prahu in zmanjšanje tveganja sekundarnega onesnaženja po drobljenju odpadkov so vsi pomembni kazalniki. Poleg tega je treba v oceno delovanja vključiti tudi porabo energije opreme in hrup delovanja, da se zagotovi skladnost z okoljskimi standardi in zahtevami glede varčevanja z energijo med obdelavo medicinskih odpadkov.