Uničevalniki medicinskih odpadkov so razvrščeni v splošne drobilnike medicinskih odpadkov in drobilnike ostrih odpadkov. Uničevalniki splošnih medicinskih odpadkov se uporabljajo predvsem za obdelavo splošnih odpadkov, kot so plastika, papir in tkanine, medtem ko so drobilniki ostrih odpadkov zasnovani posebej za ostre predmete, kot so igle in rezila. Njihova rezila in materiali komore za drobljenje so bolj robustni, kar zagotavlja varno drobljenje in preprečuje nenamerne poškodbe.
Glede na vir energije lahko drobilnike razdelimo na električne drobilnike in hidravlične drobilnike. Električni drobilniki uporabljajo motor za pogon rezil, kar ima preprosto zgradbo in enostavno upravljanje, primerno za manjše do srednje velike zdravstvene ustanove. Hidravlični drobilniki uporabljajo hidravlični sistem za zagotavljanje večjega navora, ki je primeren za visokointenzivne scenarije predelave velikih količin odpadkov, kot so velike bolnišnice in centralizirani predelovalni centri.
Drobilnike medicinskih odpadkov lahko razvrstimo tudi v ročne/polavtomatske drobilnike in popolnoma avtomatske inteligentne drobilnike. Ročni ali polavtomatski drobilniki so primerni za majhne ustanove, ki zahtevajo ročno upravljanje za hranjenje in praznjenje. Popolnoma avtomatski inteligentni drobilniki imajo funkcije samodejnega podajanja, samodejnega drobljenja, samodejnega praznjenja in inteligentnega nadzora. Samodejno lahko prilagodijo hitrost drobljenja in velikost izhodnih delcev glede na vrsto odpadka, s čimer izboljšajo učinkovitost predelave in zagotovijo varnost.